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目前，我國現行科技稅收法律的層次較低，權威性差，難以發揮稅收的調節作用。因此應對一些已經相對成熟的條例、法規通過必要的程序使之上升到法律層次，既有利于克服由于經常修改而造成稅法不夠穩定的缺陷，也在一定程度上提升了有關科技稅收的法律效力。

從長遠角度考慮，對目前零星散布在國務院、財政部、國家稅務總局各種通知、規定中的具體稅收優惠政策進行歸納梳理，對科技稅收政策實施單獨立法，消除現行法規之間矛盾、重復、龐雜與混亂的弊端，加強科技稅收優惠的規范性、透明性和整體性亦很有必要。

隨著經濟形勢的發展，應賦予地方一定限度的稅收立法權，使科技稅收優惠政策與中央和地方的發展戰略緊密結合，中央可以集中對基礎科學、國家重點技術開發及主導性產業給予稅收支持，地方則對有利于地方經濟發展，效益較為明顯的技術開發項目予以扶持，進一步明確管理權限的劃分，提高行政效率。

由于高新技術企業具有高投入、高風險和高回報的特點，因此科技稅收的優惠重點應放在補償和降低高新技術企業的投資風險方面，將目前主要對高新技術產品生產與銷售環節給予稅收優惠，逐步轉化為對科研技術開發補償與中間試驗階段給予稅收優惠，以增強科技稅收政策的一體化效應。具體而言，應根據高新技術企業的特點，擴大研究開發經費超額扣除政策的優惠范圍，取消現行政策中“國有、集體工業企業”及“盈利企業”和“超額扣除以應納稅所得額為限”的不合理規定，規定只要研究開發費用超過上年10%以上的企業，經主管稅務機關批準都可享受150%的稅前扣除優惠。受惠企業因當年虧損或盈利部分不足以抵扣規定扣除額的，可在五年內結轉使用，從政策上鼓勵企業加大對研究開發的投資力度。

增值稅方面。“生產型”增值稅最終向“消費型”增值稅過渡是增值稅改革的目標與方向。在增值稅尚未完全實施轉型之前，建議在增值稅條例中增加特定扣除項目的條款，對高新技術企業購進的用于科技開發、研制與試驗的固定資產所含進項稅金允許分期分批實施抵扣。鼓勵企業更新設備，采用先進技術。同時應根據經濟形勢的不斷發展變化，考慮擴大增值稅的征收范圍，將與高新技術產業發展密切相關的交通運輸、服務業等行業納入增值稅征收范圍。作為實施此項政策的過渡措施，目前可對企業購入和自行開發的科技成果費用中所含的稅款，比照免稅農產品與交通運輸費的有關規定，按照一定的比例計算扣除進項稅額，以減輕高科技企業的實際稅收負擔。

企業所得稅方面。科技稅收優惠的重點應從對企事業單位、科研成果轉向對高科技企業成長時期或重大技術攻關、重大市場開拓等關鍵環節和階段的稅收優惠與扶持，強化對企、事業單位科技投入方面的的稅收鼓勵措施。

為了增強企業抵御風險的能力，可以改變以往單純的稅額減免與低稅率的優惠政策，采用稅基減免、稅額減免與優惠稅率三種方式相互協調配合，以促進高新技術產業的發展。具體做法包括：對從事科技開發的投資與再投資實行投資抵免政策，允許企業按研究開發費用的一定比例從應納稅額中抵繳所得稅，提高企業從事技術開發的積極性；準許高新技術企業按照銷售或營業收入的一定比例設立各種準備金，如風險準備金、技術開發準備金、新產品試制準備金以及虧損準備金等，用于研究開發、技術更新等方面，并將這些準備金在所得稅前據實扣除。

此外，科技稅收優惠必須突出國家產業政策的導向，與國家科技發展計劃保持一致，確定重點扶持的對象，優先鼓勵科技水平高、可迅速轉化為生產力，并能使生產效率顯著提高的高新技術企業與科研項目的發展。具體而言，當前在保持對高科技產業給予稅收優惠的同時，應加大對傳統產業進行技術改造的稅收優惠力度，對科技投入達到一定數額的國有大中型企業，可與高科技產業享受同等的優惠政策，以盡快實現經濟增長方式的根本轉變。

需要指出的是，對高新技術企業的稅收優惠政策應根據“彌補風險”的原則，及時加以調整，

以避免出現僵化。這方面應對高新技術企業適用優惠稅率和其他優惠措施要有一定的時間限制，隨著其收益的逐漸增加或其產品、成果已不屬于高新技術的范疇，應及時恢復按照正常稅率實行征收。這樣做的結果既可以促使企業不斷進行技術創新，提高生產力，又可以有效地避免稅收優惠措施的濫用，達到公平與效率并舉的雙重目標。