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美章網(wǎng) 資料文庫 論小鵝瘟病毒PCR檢測條件的優(yōu)化范文

論小鵝瘟病毒PCR檢測條件的優(yōu)化范文

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論小鵝瘟病毒PCR檢測條件的優(yōu)化

摘要:為了提高小鵝瘟病毒pcr檢測的檢出率,試驗根據(jù)現(xiàn)有的小鵝瘟病毒基因序列,設計合成了1對特異性引物,以實驗室中保存的小鵝瘟病料DNA為模板,對反應程序中的延伸時間、退火溫度等循環(huán)參數(shù)進行優(yōu)化,并進行了敏感性和特異性檢測。結(jié)果表明:優(yōu)化后的延伸時間為45s,退火溫度為48.0℃;優(yōu)化后的方法對小鵝瘟病毒可擴增出大小為550bp的特異性條帶,對照毒株擴增結(jié)果均為陰性,其靈敏度為146.00pg/μL。說明優(yōu)化后的PCR方法特異性強、敏感性高,反應時間明顯縮短。

關(guān)鍵詞:小鵝瘟;PCR;條件優(yōu)化;DNA病毒;敏感性

小鵝瘟(goslingplague,GP)是由細小病毒科、細小病毒屬中的鵝細小病毒(Gooseparvoviruse,GPV)引起的一種雛鵝急性或亞急性的敗血性傳染病。該病主要發(fā)生于2周齡以內(nèi)的雛鵝,具有發(fā)病率高、致死率高和傳播速度快等特點。朱堃熹等[1]對40例典型病例進行了系統(tǒng)的病理解剖學研究,結(jié)果顯示,該病的主要病變?yōu)榧毙钥ㄋ裕w維素性壞死性小腸炎,可引起小腸梗阻。自1962年方定一[2]及其研究團隊首次發(fā)現(xiàn)此病以來,多家研究單位研究和建立了GPV的PCR快速檢測方法[3-6],但其條件未能達到最佳,趙磊等[7]對GPVDNA的提取方法進行了優(yōu)化,確定以微量法提取GPV核酸最具優(yōu)勢。本試驗對GPVPCR檢測的延伸時間、退火溫度等循環(huán)參數(shù)進行了優(yōu)化,并檢測了特異性和敏感性,現(xiàn)將結(jié)果報道如下。

1材料與方法

1.1病毒Ⅰ型鴨病毒性肝炎病毒(DHAV-Ⅰ)、Ⅲ型鴨病毒性肝炎病毒(DHAV-Ⅲ)、鴨瘟病毒(Duckplaguevirus,DPV)、GPV、鴨圓環(huán)病毒(Duckcircovirus,DuCV)、番鴨細小病毒((Muscovyduckparvoviru,MDPV)、鴨副黏病毒(Duckparamyxoviru,DPMV)、新型鴨肝炎病毒(NCHV),均由西南大學動物科學學院動物疾病快速診斷中心保存。

1.2主要試劑及儀器DNA提取試劑盒、rTaqDNA聚合酶、DL-2000Marker、TEBuffer,均購自寶生物工程(大連)有限公司;BiodropuLITE分光光度計,由西南大學動物科學學院動物疾病快速診斷中心提供。

1.3引物根據(jù)GPV的基因序列,應用PrimerPremier5.0軟件設計1對寡聚核苷酸引物,序列為上游引物5'-CCAAGCTACAACAACCACATCTAC-3'和下游引物5'-CTGCGGCAGGGCATAGACATCCGAC-3',引物由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。

1.4病毒DNA的提取取西南大學動物科學學院動物疾病快速診斷中心保存的GPV,參照DNA提取試劑盒說明書提取病毒DNA。

1.5PCR檢測方法的建立與優(yōu)化反應體系:GPVDNA模板3μL,rTaqDNA聚合酶12.5μL,上、下引物各1μL,用7.5μLddH2O補至25μL。對反應程序中的延伸時間、退火溫度等循環(huán)參數(shù)進行優(yōu)化,確定最佳反應程序。設定延伸時間分別為15,30,45,60,75,90s;退火溫度分別為38.0,39.8,44.3,47.2,48.0,54.5,61.5,65.0℃。

1.6PCR敏感性檢測用BiodropuLITE分光光度計在OD260/OD280值下測得DNA原濃度為934.37ng/μL,用TEBuffer對原濃度DNA進行10倍梯度稀釋至93.437pg/μL,再對濃度為934.37×10-2ng/μL的DNA進行2倍梯度稀釋,分別測定每次稀釋后的DNA濃度,并各取3μL加到反應體系中進行敏感性檢測。

1.7PCR特異性檢測用優(yōu)化后的最佳反應程序?qū)HAV-Ⅰ、DHAV-Ⅲ、DPV、GPV、DuCV、MDPV、DPMV、NCHV的DNA或cDNA進行PCR擴增。

2結(jié)果與分析

2.1PCR檢測方法的建立與優(yōu)化對反應程序中的延伸時間、退火溫度等循環(huán)參數(shù)進行優(yōu)化,確定最佳反應程序。

2.1.1延伸時間的篩選保持其他條件不變,設定延伸時間分別15,30,45,60,75,90s進行PCR擴增,結(jié)果延伸時間為45s時擴增得到的條帶最亮。

2.1.2退火溫度的篩選保持其他條件不變,設定退火溫度梯度為38.0~65.0℃進行PCR擴增,結(jié)果退火溫度為48.0℃時擴增得到的條帶最亮。

2.1.3PCR擴增根據(jù)2.1.1和2.1.2的篩選結(jié)果確定最佳的反應程序為:95℃預變性5min;95℃變性1min,48.0℃退火1min,72℃延伸45s,共30個循環(huán);72℃再延伸5min,12℃保存。

2.2PCR敏感性檢測

結(jié)果顯示,采用10倍稀釋和2倍稀釋的方法可在146.00pg/μL~934.37ng/μL范圍內(nèi)擴增出清晰的條帶,濃度為93.437pg/μL時未擴增出條帶。說明優(yōu)化后的PCR方法檢測GPV的靈敏度為146.00pg/μL。2.3PCR特異性檢測結(jié)果顯示,優(yōu)化后的PCR方法能檢測到標準陽性GPV毒株,而對DHAV-Ⅰ、DHAV-Ⅲ、DPV、DuCV、MDPV、DPMV、NCHV均檢測不到特異性條帶。

3討論

小鵝瘟是導致雛鵝死亡的常見疾病之一,可造成巨大的經(jīng)濟損失,嚴重危害養(yǎng)鵝業(yè)的發(fā)展。目前,對GPV的檢測技術(shù)主要有瓊脂擴散試驗[8-9]、酶聯(lián)免疫吸附試驗[10]、免疫酶斑點法[11]、免疫熒光試驗[12]和PCR檢測方法等。隨著分子生物學診斷技術(shù)的不斷發(fā)展,PCR快速檢測方法省時省力,得到了認可并成為最常用的檢測方式。本試驗利用保存于實驗室的GPV,對已有的小鵝瘟PCR檢測條件進行優(yōu)化,篩選出反應時間最短、反應效率最高的一組條件,特異性

作者:童艷梅;李嫻妍;陳義旺;馬曉強;顧江風;楊夢琪;劉雨;楊曉偉;趙光偉 單位:西南大學動物科學學院動物醫(yī)學系

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